レトロウイルスの一種であるHTLV-I（成人T細胞白血病ウイルス）は、成人T細胞白血病（adult T-cell leukemia, ATL）の原因ウイルスである。 HTLV-IのX遺伝子を標的としたprimerを用いて、培養細胞ゲノムにインテグレートされたHTLV-Iプロウイルスを PCRによって検出する。血液由来のヒト細胞株について実施している。
A. PCR Primer
HTLV-I X forward 5’-CGGATACCCAGTCTACGTGT-3’
HTLV-I X reverse 5’-GAGCCGATAACGCGTCCATCG-3’
内部コントロール
β-globin forward 5’-GGTTGGCCAATCTACTCCCAGG-3’
β-globin reverse 5’-TGGTCTCCTTAAACCTGTCTTG-3’
B. ゲノムDNA抽出
およそ6cm dish 1枚分（2×106個程度）の細胞を回収し、PBS(-)で洗浄した細胞ペレットからDNeasy Blood & Tissue Kit(QIAGEN Cat#69506)を用いてゲノムDNAを抽出する。
C. PCR
抽出後の濃度測定で30μg/μl以上であったゲノムDNAは10倍希釈して用いる。
・PCR mixture
| 1 sampleあたりの液量 | ||
| Template DNA | 5.0μl | |
| Primer HTLV-I X FW (10pmol/μl) | 0.5μl | |
| Primer HTLV-I X RV (10pmol/μl) | 0.5μl | |
| Primer Β-globin FW (10pmol/μl) | 0.5μl | |
| Primer Β-globin RV (10pmol/μl) | 0.5μl | |
| 10×Ex Taq Buffer | 2.5μl | |
| 2.5mM each dNTP mix | 2.0μl | |
| DDW | 13.25μl | |
| Ex Taq Hot Start Version | 0.25μl | |
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| Total volume | 25.0μl | |
・Cycle設定
| 94℃ | 5min | |||
| 94℃ | 10sec |  |
for 40 cycles | |
| 60℃ | 1sec | |||
| 72℃ | 15sec | |||
| 72℃ | 5min | |||
| 4℃ | soak | |||
D. アガロースゲル電気泳動
PCR増幅サンプル10μlに10×Loading Bufferを1μl加え、3% NuSieve GTGアガロースゲル電気泳動を行なって、EtBr染色によりDNAのバンドを確認する。
泳動結果 例
| Lane No. | ||
| 1 | Size Marker (1Kb Plus DNA Ladder、Invitrogen) |
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| 2～10 | Sample | |
| 11 | Negative Control | |
| 12 | Positive Control |
